A 1927 óta működő san franciscó-i nemzetközi repülőtér 21 km-re délre helyezkedik el a belvárostól. 47 milliós utasforgalmával Kalifornia 2., az USA 7., a világ 21. legzsúfoltabb reptere. Évente 430.000 repülő száll le és fel itt. Kiemelt csomóponti reptér a United Airlines és a Virgin America számára.
A légikikötő nincs könnyű helyzetben, mert mikroklímája miatt gyakori a felhős, ködös, viharos időjárás, amikor csökkentett kifutószámmal engedélyezett csak a működése (4 helyett 2 lehet nyitva ilyenkor). Ez gyakori késésekhez vezet, ami miatt több légitársaság, főleg szűk turnaround idővel dolgozó diszkont cégek, áttette székhelyét Oaklandbe és San Joseba. (Ha ez nem volna elég, a terület földrengés veszélyeztetett is, 2015-ben emiatt épül egy megerősített irányító torony.) Ettől függetlenül szakmai fórumokon több alkalommal választották Észak-Amerika legjobb nemzetközi repterének.
Négy terminál-épülettel funkciónál San Francisco, hét csarnokkal. Különlegessége, hogy rendelkezik repüléstörténeti könyvtárral, múzeummal és kiállítóteremmel, művészeti installációkkal is. Terminal 2 illetve 3 2011-ben és 2014-ben esett át felújításon, ezért nincs olyan lelakott érzete, mint a nagy amerikai repülőterek közül igen soknak.
A Nemzetközi Terminál a legnagyobb Amerikában, és speciális, földrengés elleni építési megoldásokat sem alkalmaztak még soha ekkora épületen. Ide érkezik minden nemzetközi gép, 6 kapu képes A380-ast fogadni.
A létesítmények között az AirTrain nevű alkalmazással lehet közeledni.
San Francisco leggyakoribb nemzetközi járatai:
London LHR 950.000 utas, Hong Kong 870.000, Szöul 720.000, Frankfurt 640.000, Tokió NRT 600.000.
Belföldön:
Los Angeles 1,8 millió utas, New York JFK 1,1 millió, Chicago 1,1 millió, Seattle 940.000, Las Vegas 850.000.
Tömegközlekedés gyanánt a BART vasútrendszer tűnik a legkézenfekvőbb megoldásnak, ezzel átszállás nélkül lehet a belvárosba jutni. Buszszolgáltatók közül a SamTrans járat 5 különböző vonalat a reptérre.
Figyelem! Hasonlóan más amerikai repterekhez, biztonsági okokból itt sincs poggyászmegőrzési szolgáltatás!
