A tokiói Haneda nemzetközi reptér 14 km-re délre fekszik a centrumtól. Ez a japán főváros legnagyobb repülőtere. Alacsony gépmozgás-számmal is döbbenetes forgalmat bonyolít, 2014-ben 72 millió ember fordult itt meg, ebből 64 millió belföldi utazó és mindössze 8 millió nemzetközi turista. Ezzel az összlétszámmal a világ negyedik legforgalmasabb reptere a Haneda (Atlanta, Peking és a londoni Heathrow után)! Növekedése egyelőre 407.000 gépmozgásig, 90 millió utasig biztosított.
A légikikötő a két nagy szolgáltató, a Japan Airlines és az All Nippon Airways bázisa, ugyancsak központul szolgál számos fapados cég részére is (Air Do, Skymark Airlines, Solaseed Air, StarFlyer).
Fentiekből is kiolvasható, míg a Narita a nemzetközi forgalomról és üzleti utazásról nevezetes, a Haneda az országon belüli közlekedést segíti elsősorban és a diszkont igényekre, populáris desztinációkra kínál megoldást. Ebben némi elhajlást enged a 2010-ben megnyílt nemzetközi terminál és a negyedik kifutópálya, melyek 17 légitársaság 25 célállomása számára biztosítanak non-stop hosszútávú repülést, illetve az éjszaka zárva tartó Naritával szemben itt 24 órás üzemmódban jönnek-mennek a gépek (ami egyébként ad okot bőven panaszra, tekintve, hogy a kiszolgáló egységek ilyenkor nincsenek nyitva és a tömegközlekedés helyett is csak méregdrága transzferopciók érhetőek el).
A két reptér együttesen a világ harmadik legnagyobb városi reptér-rendszerét adják, London és New York mögött.
Lévén legendás a japán pontosság, talán nem meglepő a Haneda díja 2009-ből, miszerint a világ legpontosabb kikötője 94,3%-os indulási és 88,6%-os érkezési eredménnyel.
A Haneda reptér három terminállal rendelkezik, melyek földalatti alagúttal vannak összekötve és shuttle busz közlekedik közöttük. Az 1993-as megnyitású Terminal 1 a legnagyobb közülük. Terminal 2 2004 óta üzemel, míg a nemzetközi terminal 2010-ből datálódik.
Haneda és Narita között a traszferidő mind busszal, mind vonattal nagyságrendileg 2 óra. Haneda a városból a Keikyu és a Tokyo Monorail vasúttal érhető el.
